В формировании фондовой коллекции музея активно участвовали преподаватели и сотрудники кафедры зоологии: ими проведены сборы зоологических материалов в специально организованных экспедициях, командировках и личных поездках. Немало ценных экспонатов были привезены из научных экспедиций профессора Б.С.Грезена Мурманскую биологическую станцию и профессора А.В.Шестакова в Среднюю Азию.
В фондовой коллектции позвоночных обьединены обширные фаунистические сборы. Наряду с редкими и обычными видами из фауны Ярославской области, преобладающими в коллекции, представлены и экзотические виды мировой фауны.
Экспозиция построена по систематическому принципу. Наиболее разнообразны по составу и многочисленны коллекции насекомых, моллюсков, птиц, рыб, млекопитающих. В орнито-логической коллекции насчитывается 130 видов из 46 семейств.
Деятельность музея
За время существования музея его экспозиция неоднократно обновлялась и менялась, однако всегда одной из основных особенностей зоологического музея ЯГПУ являлось сочетание научной и просветительской деятельности.
Выставочный зал музея используется для проведения экскурсий, лабораторных занятий и полевых практик студентов по зоологии.
Фондовые материалы музея используются студентами при подготовке курсовых и выпускных квалификационных работ, а также для научной работы преподавателей.
В музее проводятся тематические экскурсии обзорные и для учащихся образовательных учреждений Ярославской области, детских домов и интернатов, населения.
Тематика экскурсий
1. Животный мир Ярославской области и его охрана.
2. Промысловые животные Ярославской области.
3. По страницам Красной книги Ярославской области.